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旬阳县自然资源水力资源旬阳境内水能资源理论蕴藏量222658千瓦，可开发量71568千瓦，可开发系数0.321。全县共建成小水电装机12座，分布在蜀河、旬河流域，包括钟家坪电站（装机7500千瓦）、康坪电站（装机1260千瓦）、白柳电站（装机800千瓦）、高桥电站（装机500千瓦）、坝河桂花电站（装机1.2万千瓦）、汉江蜀河电站（装机27万千瓦）、旬河大岭电站（装机18900千瓦），向阳电站（装机320千瓦），双镇电站（装机200千瓦），魏家院电站（装机150千瓦），文治电站（装机250千瓦），石关电站（装机200千瓦），在建电站有吕河七里峡电站（装机0.16万千瓦）和装机32万千瓦的汉江旬阳电站、赵湾电站、季家坪电站。生物资源旬阳县是北亚热带气候区。植物资源种类繁多，据《秦岭植物志》记载，境内有各种植物近5000种。全县森林植物主要有乔木、灌木、藤本植物、草本植物共56科200多种，呈垂直分布状。亚热带常绿落叶阔叶混交林多分布在海拔秦岭200—800米、巴山200—900米的地方，落叶阔叶林带分布在海拔秦岭800—1800米、巴山900—1816.6米。落叶混杂林带分布在海拔800—2358.4米间。旬阳县动物资源主要有家畜和野生动物。境内野生动物资源种类繁多，分布较广。在境内的秦岭南羊山地区，脊椎动物居多。县域野生动物有15个目、34个科、108种，除列为国家保护对象的林麝、大鲵、苏门羚、金钱豹、青羊、原猫、大灵猫、红腹角雉、白冠长尾雉、金鸡、金雕等珍稀动物外，还有水獭、果子狸、獾、熊、野猪、豺狼、貂、麂子、獐子、兔、松鼠、黄鼬、龟、蛇、蟾蜍、豪猪等爬行动物和飞虎、飞鼠、啄木鸟、猫头鹰、蝙蝠、燕子、灰喜鹊、画眉、黄鹂、乌鸦、岩鸽、斑鸠、鹦鹉、野鸭、白鹭、鹳、鸢、莺等鸟类动物。1998年12月，对县境内野生动物再作调查，发现除上部县志记载的目、科、种外，新发现鸟类实体12目25科96种，兽类实体3目9科12种，其中一类保护动物有豹、云豹、金雕、白肩雕；二类保护动物有黑熊、林麝、毛冠鹿、羚、红腹锦鸡、勺鸡、大鲵等各类猛禽（鹰、鸮、隼）。40年前大量存在的狐狸、狼等野生动物已绝迹。林特资源全县自实施退耕还林和天然林保护工程以来，发展林业多种经营，林业用地面积374万亩，经济林累计面积78万亩，油桐、蚕桑、食用菌产供销产业链条形成，狮头柑、拐枣、樱桃、生漆、黄连等乡土树种在局部地方成为骨干项目，建成蚕桑、狮头柑、香橼、樱桃、油桐等8个千亩村，有60多个村民小组以养蚕、种果、兴林为主收入。药材资源约有112科，284属近500种，分布于全县的高山林地、山坡草丛、四边路边。家种药材有35种，木本药材有杜仲、厚朴、黄柏、吴芋、山茱萸、枳壳、木瓜、陈皮、柏子、桃仁、杏仁等10余种；草本药材有党参、黄连、大黄等50余种。2003年从四川、湖南、山东引进了金花王、银花王、蒙花1号、蒙花2号、蒙花3号等金银花优良品种建立了青泥、白柳等3个良种示范基地。矿产资源旬阳县位于秦岭成矿带山柞镇旬成矿区南部，成矿地质条件有利，矿产资源丰富。至2009年，已探明矿产资源有汞、锑、铅、锌、镁、石灰石、重晶石、白云石、石煤等39种，产地100余处。黑色金属矿：铁、锰、钡；有色金属矿：铜、铅、锌、锑、钴、金、汞；冶金辅助材料：白云岩、石英、耐火粘土；稀有金属和放射性原素：铀、镭；化工原料非金属矿：硫铁矿、磷、重晶石、水晶石、硒、砷；建材及其它非金属矿：石棉、大理石、石膏、碱、灰岩、砖瓦粘土、瓦板岩、方介石、建筑用砂、石材、绿松石；能源矿产：无烟煤、石炭、砂炭等。其中汞锑、铅锌、石灰石、白云石等矿产资源储量大，公馆、青铜沟汞锑矿探明储量巨大；汞保有储量为6480吨，锑保有储量43656吨；铅锌矿床绵延100余千米，初步探明铅锌储量94万吨，远景储量250万吨；陆续探明开采和发现具有良好开发价值的矿产资源有碳酸岩系低温热液汞锑矿（蜀河、小河）与碳酸岩蚀变有关的铅锌矿（甘溪、蜀河）以及煤地、河地砂金等矿产资源富含地10多处。
