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首先,通过个人卡发工资是违规操作,属于偷税漏税行为,若被税务系统查到,可能会面临一定的处罚;其次,辞退员工应当要有正当的理由和证据,以及按照劳动法规定给予一定的经济赔偿;最后,会不会被仲裁,取决于贵司处理的方式,若能和平解决建议还是和平解决,若什么赔偿也不给,对方提出仲裁也不奇怪。