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黄科院主要研究泥沙运动基本理论、黄河流域环境演变及泥沙灾害防治、河床演变及河道整治、水库运用方式、河口演变及治理技术、河流数字模拟技术、土壤侵蚀与模拟、水土保持生态工程技术、水土保持监测与效益评价、黄河水沙变化、水资源与水生态、水资源评价理论与方法、流域水资源可持续利用、流域水资源管理理论与技术、节水理论与技术、水利工程险情预警预报技术、防洪减灾技术、防汛抢险资源配置理论与技术、水利工程管理理论与标准化、防洪工程安全评价和安全检测以及隐患探测技术、工程可靠性理论、土力学基本理论、工程物探理论及技术、水工程材料开发与应用、黄河泥沙处理与资源利用等方面。